工程抵押房主要面临以下几大问题：违约风险高、短期储蓄与长期借贷的现金流无法合理转化、现房转售为二手房的挑战性大，以及可能出现户型不佳、采光不足引发的纠纷增多。更为严重的是，这类房产由于其特别性质，许多房屋可能并未解押，甚至已被查封，从而导致无法顺利办理房产证。法律依据：《中华人民共和国民法典》第三百九十四条为担保债务的履行，债务人或者第三人不转移财产的占有，将该财产抵押给债权人的，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，债权人有权就该财产优先受偿。前款规定的债务人或者第三人为抵押人，债权人为抵押权人，提供担保的财产为抵押财产。《中华人民共和国民法典》第四百零二条以本法第三百九十五条第一款第一项至第三项规定的财产或者第五项规定的正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立。