在进行离婚财产分配协议中，若所分配之房产尚有余款未偿还完毕，则需要根据具体情况进行如下处理:
首先，该处房产需确定为夫妻共有财产;
其次，无论由哪位配偶赢得该房产的所有权，都必须要向另一方支付双方原有房产价值的一半作为补偿。
在此基础上，若是双方能够通过友好协商妥善解决房产归属问题，那么该房产的分割工作便相对容易执行。
由某位配偶获得房产所有权，约定立即向对方支付相应的补偿款项，同时承担剩余银行贷款的还款责任。
然而，如果夫妇双方无法达成共识，只能通过法律途径解决房产归属问题的话，由于这座房屋尽管已经取得了不动产证书，但目前仍然有贷款未偿付完毕，因此银行对此房享有的抵押权就显得格外重要。
在这种情况下，大多数法院在审理案件时会倾向于将这种情况视为尚未真正完成所有权转移的房产，他们通常不会直接立即对此房产所有权进行裁决，而是先确定该房屋的使用权（通常是指登记在册的产权所有人，也既可能是借款人），并通知当事人须待结清银行贷款、消除抵押登记之后，再依据相关程序开展进一步的诉讼活动，以明确房屋所有权的最终归属。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）第七十八条
夫妻一方婚前签订不动产买卖合同；
以个人财产支付首付款并在银行贷款，婚后用夫妻共同财产还贷，不动产登记于首付款支付方名下的，离婚时该不动产由双方协议处理。
依前款规定不能达成协议的，人民法院可以判决该不动产归登记一方，尚未归还的贷款为不动产登记一方的个人债务。
双方婚后共同还贷支付的款项及其相对应财产增值部分，离婚时应根据民法典第一千零八十七条第一款规定的原则，由不动产登记一方对另一方进行补偿。