保密协议仅由用人单位持有，未给予员工一份，此协议效力存在争议。一方面，根据相关法律规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。保密协议作为劳动合同的附件，具有从属性。若保密协议未给员工，可能影响员工对自身权利义务的清晰认知，在一定程度上损害员工权益，其效力可能受到质疑。另一方面，从用人单位角度，虽持有保密协议，但需证明已通过合理方式向员工告知保密义务及相关内容。若无法证明，即便协议存在，在纠纷发生时，其对员工的约束力也可能受限。通常情况下，为保障保密协议的有效性和可执行性，用人单位应向员工提供一份保密协议，并确保员工理解协议条款。这样既能明确双方权利义务，也有助于在发生纠纷时，用人单位依据协议维护自身合法权益，同时也符合法律对于合同签订及履行的规范要求。

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