公司搬迁赔偿款的处理方式如下：首先，需明确赔偿款的性质。若为因搬迁导致劳动合同解除的经济补偿，应按照《劳动合同法》相关规定，根据劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。其次，赔偿款的财务处理。一般应计入“营业外收入”等相关会计科目，同时要按照税收法规规定缴纳企业所得税等相关税费。再者，对于员工安置方面。除支付经济补偿外，应妥善处理员工的社保、公积金等关系的转移接续，确保员工权益不受影响。最后，公司内部要做好沟通和说明工作。向员工解释赔偿款的来源、计算依据和用途等，避免引发不必要的误解和纠纷。对于股东等相关利益方，也应及时披露赔偿款的处理情况，保障各方知情权。总之，公司搬迁赔偿款的处理需遵循法律法规，兼顾财务规范和员工权益等多方面因素。

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