农村房屋未办理过户手续时的补偿问题，需依据具体情况而定。首先，要明确房屋产权归属。即便未过户，但如果有合法有效的购房合同等能证明房屋买卖关系的证据，从法律角度，购房者对房屋享有一定权益。对于征收补偿，一般情况下，征收部门会对房屋产权登记人进行补偿通知。若实际居住人能证明其对房屋的权益，可与产权登记人协商补偿分配事宜。比如，可按双方约定比例分配货币补偿款；或者在产权调换时，协商确定安置房屋的分配方式。若发生纠纷，实际居住人可通过诉讼等法律途径主张权利。法院会综合审查购房合同、付款凭证、房屋实际占有使用等情况，判定实际居住人的权益范围，进而确定合理补偿方式及份额，以保障当事人合法权益，确保补偿公平合理、依法依规进行。

以上是律师的法律建议，如有疑问，欢迎进一步咨询。