占用集体土地所建房屋的处理方式如下：首先，需确定该房屋建设是否经过合法审批程序。若未经审批，属于违法建筑，通常会面临限期拆除的处理决定。相关部门会责令违建者在规定期限内自行拆除违法建设的房屋，以恢复土地原状。若房屋建设部分符合规划要求，对于符合规划的部分，可能会要求补办相关手续，使其合法化；而对于不符合规划的部分，则可能仍需拆除或采取其他整改措施。在处理过程中，会依据《土地管理法》等相关法律法规，严格按照法定程序进行。例如，作出责令限期拆除决定前，应充分保障当事人陈述、申辩等权利，告知其有申请听证的权利等。同时，处理决定应依法送达当事人，当事人对处理决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。整个处理过程要确保合法、公正、透明，维护集体土地的合法权益和正常管理秩序。

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