宅基地合同被认定无效后，赔偿方式如下：首先，对于因合同无效导致的一方已履行部分，应按照恢复原状的原则处理。若一方已交付了款项，对方应予以返还；若交付了房屋等不动产，可能需根据具体情况考虑恢复到合同签订前的状态，例如拆除房屋或进行相应的折价补偿。其次，对于因合同无效造成的损失，有过错的一方应承担赔偿责任。损失的范围包括直接损失，如为履行合同而支出的费用、装修费用等，以及合理的间接损失，如因合同履行可预期获得的利益但因合同无效未能实现的部分。再者，确定过错程度至关重要。双方均有过错的，应根据各自过错大小分担相应责任。若一方故意隐瞒重要事实或提供虚假情况致使合同无效，该方需承担主要赔偿责任。最后，赔偿的具体方式和数额可由双方协商确定，协商不成的，可以通过诉讼等法律途径，由法院根据具体案件事实和证据，依据相关法律规定作出公正裁决，以保障当事人的合法权益。

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