宅基地纠纷双方所签订的协议书是否有效，需视具体情形而定。一般来说，若该协议书满足以下条件，则具有法律效力。首先，双方当事人应具备相应的民事行为能力，能够清晰理解自身行为及协议内容并承担相应后果。其次，协议内容是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情况。再者，协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体及他人的合法权益。例如，若协议约定的宅基地使用方式违反土地管理法规，那么该协议可能无效。此外，协议书的形式也可能影响其效力。通常，书面协议更具证明力。若存在口头协议，需有其他证据佐证双方达成的合意及具体内容，否则可能难以认定其效力。当发生宅基地纠纷并签订协议书后，双方应依约履行。若对协议效力存在疑问或产生纠纷，可通过法律途径，由法院依据相关法律规定和证据进行审查判断，以确定协议是否有效及双方的权利义务。

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