房产证补充协议是否有效，需视具体情况而定。一般来说，只要补充协议是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等可撤销情形，且内容不违反法律法规的强制性规定及公序良俗，即为有效。例如，在房屋买卖过程中，买卖双方就房产证办理时间、产权登记相关事宜等签订的补充协议，若符合上述条件，对双方均具有法律约束力。然而，如果补充协议存在违反法律强制性规定的内容，如规避限购政策、损害国家利益等，则会被认定为无效。此外，若签订协议时存在意思表示不真实，如一方受欺诈或胁迫签订协议，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销，在撤销前协议有效，撤销后则自始无效。总之，判断房产证补充协议是否有效，关键在于审查其是否符合法律规定的生效要件。

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