医疗事故技术鉴定在实践操作中的流程如下所示：首先，涉及到医疗事故的各方当事人须向相关卫生行政部门递上书面申请，请求启动医疗事故的鉴定程序；
其次，该卫生行政部门会依据法律程序，专门委派负责医疗事故技术鉴定工作的医学会来负责具体的鉴定事宜；
接下来，参加鉴定的专家将从备选名单中的知名人士中严格筛选而出，并编制成鉴定小组，依据国家现行的医疗卫生管理法律法规及其实践经验，以科学的态度和专业的视角展开严密的鉴定分析；
最后，待所有的鉴定步骤完成之后，鉴定委员会将会出具详尽完备的《医疗事故技术鉴定书》。
值得关注的是，据我国颁布的《医疗事故处理条例》中的第二十条明确指出，凡是卫生行政部门在接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或医疗事故争议的双方当事人提出要求对此类争端进行处理的诉求时，如有必要进行医疗事故技术鉴定的，都应依法交予此项工作的主管医学会予以鉴定；
但若当事双方约定以协商方式解决医疗事故争议，而各方又均同意将此事通过医疗事故技术鉴定来解释的话，那么便可共同委托指定负责医疗事故技术鉴定工作的医学会进行鉴定结论的生成。
《医疗事故处理条例》第二十条卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。